Hoidon kesto ja sisältö vaihtelevat asiakkaan tarpeesta riippuen. Hoidon keskeisiä elementtejä ovat yhteisöllisyys, 12 askeleen ohjelman hyödyntäminen sekä ryhmä- ja yksilöterapiat.

Aluksi sitoudutaan viikon mittaiseen arviointijaksoon, jota seuraa intensiivijakso yksilöllisen hoitosuunnitelman mukaisesti. Jokaisella intensiivijakson käyneellä asiakkaalla on mahdollisuus osallistua hoidon jälkeen vuoden ajan maksuttomaan jatkohoitoryhmään.

Arviointi jatkuu koko hoidon ajan. Hoitosuunnitelmaa tarkistetaan ja hoidon etenemistä seurataan säännöllisesti.

Intensiivijakson aikana asiakkaalla on mahdollisuus tuettuun asumiseen Myllyhoitoklinikan asumisyksikössä.

Jokaisella on oikeus normaaliin elämään, niin myös päihdeongelmaisen läheisillä, joten myös läheiset tarvitsevat apua. Myllyhoitoyhdistys ry järjestää myös päihdeongelmaisen läheisille suunnattuja kursseja. Nämä sopivat erityisesti Myllyhoitoklinikalla hoidossa olevien läheisille.